- ゲームを始める前に何問か質問に答えると、自分にあったポケモンが自動的に選ばれます。詳しくは、こちら。
- 次に、自分で、パートナーポケモンを１０種類のポケモンの中から１匹のポケモンを選択します。
- バタフリーにキャタピーを助けて欲しいと依頼され、地下４階でキャタピーを救出します。
バタフリーからのお礼は、「オレンのみ」、「モモンのみ」、「チーゴのみ」。
- ちいさなもりでの救助で救助隊結成し、救助隊名を決める。
名前を設定しなければ、『ポケモンズきち』になると思われる。
ベッドに行ってセーブし、次の朝に外に出る。
- ポストを調べると、「救助隊スターターセット（救助隊バッジ、道具箱、ポケモンニュース）」が入っている。
- コイルからの依頼で、地下６Ｆでコイルを救助。
コイルからのお礼は、「５００ポケ」、「ふっかつのタネ」、「チーゴのみ」。
- ポストを調べて、「ペリッパーれんらくじょ」へ行く。
- ペリッパーれんらくじょの前にある掲示板の依頼を受けて依頼を２つ成功させると、翌日にダグトリオが自分の基地に「ディグダの救助をしてほしい」の依頼に来る。
- 頂上にいるディグダを救助をするが、エアームドとバトルになる。
ダグトリオからのお礼は、「500ポケ」、「モモンスカーフ」、「カテキン」。
- 「プクリンのともだちサークル」が利用できるようになり、救助隊のポケモンを仲間にできる。
- 友達エリア「やせいそうげん」、「かげろうのもり」、「むじんはつでんしょ」に行けるようになる。
- バタフリーからトランセルを救助してほしいとの依頼です。
- １３Ｆにいるイジワルズのメンバー『ゲンガー・チャーレム・アーボ』とバトルになる。
- トランセルを救出。
- ワタッコから仲間（ワタッコ）を救助してほしいとの依頼です。
- 地下１０Ｆでワタッコを救助。
- トランセルを救出。
- 山頂３Ｆにいるサンダーとバトルになる。
- ダーテングを救出。
- 『「せいれいのおか」にいるネイティオに話を聞く。
- この話を、イジワルズのゲンガーが盗み聞きしている。
- 翌日、広場に行ってみるといつもと様子が違う。
- ゲンガーが広場のポケモンたちに主人公が実は人間であり、主人公のせいでこの世界が不幸に見舞われていると言ってしまう。
そのせいで、逃亡生活をすることになる。
- 奥地３階でフリーザーとバトル。
- フリーザーとバトル後からアブソルも仲間に加わる。
- 奥地５階でフーディン・リザードン・バンギラスも追いついて倒されそうになるが、キュウコンのおかげで助かる。
- そして、キュウコンから主人公に関する話を聞く。
- ゲンガーの言っていることが真っ赤なうそだということがわかり、広場のポケモンたちが追いつめる。
- 依頼をいくつかこなすと、ソーナノ・ソーナンスから、マンキーが暴れているので何とかしてほしいとの依頼がポストに入っているので「さわぎのもり」へ行く。
- マンキーたちにイガグリを２個渡すと素敵な救助基地が完成する。
イガグリは、「さわぎのもり」に落ちている。
- マグマのちていに行った『フーディン・リザードン・バンギラス』が帰ってこないということからマグマのちていへ。
- ネイティオが、隕石が接近しつつあるということを聞く。
- 準備が出来次第パートナーに話しかけ、「おおいなるきょうこく」へ行く。
- せいれいのおかで、ネイティオとフーディンがテレポートの結晶を作り、もらう。
- 上階９階でレックウザとバトル。
- レックウザに隕石を破壊してもらう。
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